一、税收优惠
（一）对新认定的高新技术企业实行15%征收企业所得税的优惠。
（二） 按规定减免所得税期满后，凡当年企业出口产品产值达到当年产值70%以上的，经税务部门审查核定，减按10%的税率征收所得税。
（三） 经市科技局审批，对列入国家级新产品在三年内，省市级新产品在两年内，市财政局对生产企业新增利润部分的所得税实行全额返还，对新增增值税的地方分成部分（25%）由市财政局按不低于50% 的比例返还。
（四） 对从事高新技术产品开发的科研机构和企业，自行发明、研制的专有技术或技术成果，凡经市级以上鉴定的，其技术转让（包括技术咨询、技术服务和技术培训等）年净收入在30万元以下的，免征所得税；超过30万元的部分，应按适用税率征收所得税，技术成果转让收入，免交营业税。
（五） 对上述技术转让收入可提取1%的高新技术开发基金，并允许打入成本，专项用于科研事业的发展。
（六）高新技术企业和高新技术项目所签订的技术合同免征印花税。
（七） 发放给研究开发高新技术产品有突出贡献的科技人员的奖励。经税务部门审定，免征工资调节税；市人民政府以上单位颁发级有关人员的科研成果奖，免征个人收入调节税。
（八）高新技术企业的生产和科研设备，根据实际情况，并按有关制度规定，实行加速折旧，以促进企业设备更新和技术改造。
（九） 凡因享有本规定减征或免征的税款，应单独核算，由有关部门监督专项用于本企业的生产发展和高新技术产品的开发，不得用于集体福利和其他资金，违者由财政、税务机关收回减免的款项。
二、金融信贷优惠
（一） 银行每年从信贷总额中划出一定数额的贷款指标作为科技开发专项信贷资金，并在利率上给予优惠。市财政再安排部分资金作为贷款贴息，贴息率视项目的具体情况而定，专项信贷资金重点用于扶持本规定列举的项目的开发生产，由科技局提出项目建议，由银行对专项信贷资金进行审批。
（二） 每年从债券发行总额中拨出20%的额度给符合发行条件的高新技术企业。
（三） 优先批准符合上市条件的股份制高新技术企业股票上市。
三、建设用地和购置住房优惠
（一） 在城市和土地规划中，有关部门应留出对环境有特殊要求的（如防尘、防噪声、防污染）高新技术项目建设小区，集中进行建设。
（二） 高新技术企业（项目）科研、生产经营用地，由深圳市规划国土局予以优先审批，并根据企业的不同情况给予减收地价10-20%的优惠，或减半缴纳土地使用费五年。
（三） 保税区中，划出一部分优惠地价的土地给高新技术企业。
（四） 高新技术企业申请购置微利商品房或申请自建自用住房用地，有关部门应予以优先安排。
四、招调员工和赴港出国优惠
（一） 每年从全市干部调入指标总数中拨出一定比例，优先安排从事本规定列举的项目的研究开发、生产经营企业技术人员的调入。对有国家级重大发明创造的人才以及具有特殊技能的高级技工的调入，深圳市劳动人事部门予以优先审批和办理手续。需要借聘内地科技人员可放宽数量限制并优先办理暂住手续。
（二） 有组织地积极从国外引进科技人才。对来特区工作的留学人员按深圳市有关规定给予优惠。
（三） 高新技术企业科技人员因公赴港出国，可优先办理审批手续。从“多次往返港澳能行证”中划出一定比例用于高新技术企业科技人员因公赴港需要；持“一次审批多次出国护照”的人员的审批手续按[1990]国科发字400号《关于使用<高新技术企业多次出国人员登记表>(简称KW122表)的通知》规定，由深圳市外事办负责办理。
五、深圳海关提供的优惠
（一） 开展加工后出口产品业务的高新技术企业，经海关批准可设立专用备料仓库，以便办理料件进口手续；其中，没有进出口报关权的，经海关批准，可享有自理报关权。
（二） 高新技术企业加工的产品有内、外销的，海关比照对进料加工的管理办法，料件进口时予以保税，产品实际内销再按内销的有关规定办理补税等手续。
（三） 高新技术开展的按规定海关应收取保证金的业务。企业可提出申请，经海关批准，可免交保证金。
（四） 高新技术企业开展进料加工项目，海关可发给“专用清单”，货物进出口时实际通道报验，按月集中报关，合同执行完毕后予以核销。
（五） 高新技术企业进出口的应税货物，海关可先予以放行，并发给“纳税手册”，企业在七天内向银行办完纳税手续。
（六） 高新技术企业进出口的货物，海关在监管上给予方便，海关认为有必要查验而货物又不便在现场开拆的，企业可提出申请，海关可派员随车监管到企业所在地，结合装卸环节进行查验。
（七） 高新技术企业中的国营企业可申请参与海关一年一度的“信誉良好企业”评定活动，对被授予“信誉良好企业”称号的，海关按有关规定给予相应优惠。
（八） 高新技术企业生产急需进口的少量货样、维修机器设备的零配件、原材料、包装物料以及需带到境外修理的物品等，可由本企业人员随身携带进出境，口岸海关凭主管海关核发的登记卡或申报单先予以放行，事后补办手续。
（九）高新技术企业根据业务需要在海外设立研究开发机构或销售机构的给予优先办理审批手续
六、高新技术企业用于研究开发的原材料、元器件、样品、样机、仪器、设备和技术资料等在国家指标允许的范围内优先给予进口审批。海关在办理有关手续上尽可能给予方便。
七、优先保证高新技术企业的用水用电和通讯的需要。
八、凡高新技术企业已办理替代进口的产品，深圳市贸易工业局在审批进口同类产品时予以限制，以扶持该类产品。对列入高新技术产品目录的，在内销比例上可适当放宽。
九、对于工业企业投入的科技研究开发费，在不超过标准范围内按实际支出数可在当年计征所得税前予以扣除：高新技术企业为当年销售额3～5%，其中，对集成电路、程控交换机、软件、电子计算机等四种产品的技术开发费，计提比例可提高到不超过销售收入的10%。
十、高新技术企业试制新产品所需的单台价值在五万元以下的测试仪器和关键设备的购置费可直接进入成本，确需购置少量单价值超过五万元的测试和关键设备的，经主管税务机关批准，也可在成本中列支。
十一、经深圳市科技主管部门认可，高新技术企业进行的引进技术的消化、吸收项目投产后，获得的利润报市税务部门批准，给予三年免征所得税照顾。
提示：因2008年开始实施新的企业所得税法，个别条款可能有所变化。
六、申请资格
1、上年度产品销售收入500万元；
2、产品符合深圳市高新技术产品目录（五大类）
电子、信息技术B、生物、医药技术
新材料C、光机电一体化
新能源、环保、航天、海洋、核应用
七、准备资料
1、企业营业执照副本复印件（验原件）和法定代表人证明书；
2、上年度财务审计报告及申请高新技术企业专项审计报告；
3、 产品技术标准、质量性能测试报告，（开发软件的企业需提供：软件产品登记证书或该产品的软件需求说明书、系统设计报告、用户手册、测试大纲、测试报告和用户试用报告等材料）；
4、 银行贷款卡和信誉等级证明；
5、 属于特殊行业的企业需提供特殊行业许可证或入网证。对生物医药、医疗器械、通信等有特殊行业管理要求的高新技术产品，申报时必须提交行业规定许可生产、销售的必备文件的复印件；
6、专利证书或查新报告；（以上材料必须具备）；
7、用户使用意见相关材料；
8、科技成果登记证书以及其他相当的技术证明材料；
9、若环境污染的项目需提交环保达标证明。
上述书面材料装订成册，并含完整申报信息的软盘一张（注明申请单位名称），上报。
八、认定程序
受理— 审厂— 公示— 颁证。
所需时间：受理之日起三个半月。